Pour se rendre invulnérable, Sadono, leader milicien de la guerilla indonésienne, n''a trouvé d''autre moyen que d''utiliser la menace bactériologique comme technique de dissuasion. Sam Fisher devra faire face à ce nouveau défi, son objectif : métriser les risques de contamination et anéantir cette faction terroriste particulièrement virulente !
"Splinter Cell" est le terme employé pour désigner une cellule indépendante des forces d''élite capable de neutraliser et de contrer les factions terroristes à n''importe quel endroit de la planète et avec la précision et la discrètion d''une écharde (splinter).